WRFV3.3 安装记录

http://wrfchina.com/node/95

硬件配置：PowerEdge 2900 塔式服务器， 2 个4 核Intel Xeon 5310 CPU，2007 年配置的，1G 内存。

系统环境：CentOS_5.4 操作系统，系统运行通过Xmanager 远程控制。

 一、OS 安装

设置IP 及root 用户密码，选择安装X-Window 相关组件和gcc 开发工具，配置时选择关闭firewall、selinux。

1、调整显示器分辨率

如遇显示器分辨率不对，则登陆后：

[root@numerca ~]# vi /etc/X11/xorg.conf

Section "Screen"

Identifier "Screen0"

Device "Videocard0"

DefaultDepth 24

SubSection "Display"

Viewport 0 0

Depth 24

Modes "1024x768"

EndSubSection

EndSection

修改完成后保存退出，然后运行gdm-restart 重启显示界面即可。

2、防火墙设置几种方法

（1） root 用户下，终端输入setup，进入图形界面。可进行X 配置、时区配置、系统服务、网络配置、键盘配置、防火墙配置、验证配置。

[root@numerca ~]#setup

（2） root 用户下，

[root@numerca ~]#service iptables start/restart/stop/status

（3） root 用户下，

[root@numerca ~]#/etc/init.d/ iptables start/restart/stop/status

（4） root 用户下，

[root@numerca ~]# iptables –F 关闭防火墙

3、配置Xmanager 远程桌面

[root@numerca ~]# vi /usr/share/gdm/defaults.conf

（1）打开 /etc/inittab 文件，将 runlevel 变为5, 即id:5:initdefault: 如果原来就是5,则不用修改。

（注：5 为图形界面，3 为文本界面，即命令行方式）

（2）修改 /etc/gdm/custom.conf，将 [xdmcp] 部分的 Enable 设置为 1，即：

[xdmcp]

Enable=true

Port=177 （注：打开177 端口）

[security]

DisallowTCP=false （注：允许TCP）

AllowRemoteRoot=true （注：允许远程以根用户登陆）

[root@numerca ~]# service iptables status

Firewall is stopped.

[root@numerca ~]# gdm-restart (注：重启图形显示界面，回到登陆界面)

 

二、相关软件安装

1、准备工作

1）通过rpm -qa |grep * 或locate 来检查某软件或库是否安装，需要检查的有samba，gcc，hdf.h，Xlib.h，Intrinsic.h，后3 个用于安装ncarg。

首先，查看samba 是否安装：

[root@numerca ~]# rpm -qa |grep samba

samba-common-3.0.33-3.14.el5

samba-client-3.0.33-3.14.el5

若缺文件，则从安装光盘中安装。

[root@numerca ~]# cd /media/CentOS_5.4_Final/CentOS/

[root@numerca CentOS]# ls * |grep samba

samba-3.0.33-3.14.el5.i386.rpm

system-config-samba-1.2.41-5.el5.noarch.rpm

[root@numerca CentOS]# rpm -ivh samba-3.0.33-3.14.el5.i386.rpm warning: samba-

3.0.33-3.14.el5.i386.rpm: Header V3 DSA signature: NOKEY, key ID e8562897

error: Failed dependencies:

perl(Convert::ASN1) is needed by samba-3.0.33-3.14.el5.i386

[root@numerca CentOS]# ls * |grep perl

perl-Convert-ASN1-0.20-1.1.noarch.rpm

[root@numerca CentOS]# rpm -ivh perl-Convert-ASN1-0.20-1.1.noarch.rpm

[root@numerca CentOS]# rpm -ivh samba-3.0.33-3.14.el5.i386.rpm

[root@numerca CentOS]# rpm -ivh system-config-samba-1.2.41-5.el5.noarch.rpm

 

[root@numerca CentOS]# cd

[root@numerca ~]# ntsysv

选中smb

[root@numerca ~]# cd /media/CentOS_5.4_Final/CentOS/

然后，查看gcc 是否安装：

[root@numerca CentOS]# rpm -qa |grep gcc

libgcc-4.1.2-46.el5

gcc-c++-4.1.2-46.el5

gcc-4.1.2-46.el5

compat-gcc-34-g77-3.4.6-4

gcc-gfortran-4.1.2-46.el5

compat-libgcc-296-2.96-138

compat-gcc-34-c++-3.4.6-4

compat-gcc-34-3.4.6-4

gcc-java-4.1.2-46.el5

最后，查看Xlib.h，Intrinsic.h 是否安装

[root@numerca CentOS]# cd /usr/include/X11

[root@numerca X11]# ls

Xlib.h，Intrinsic.h 存在则不需安装

2）设置共享用户public （方便window 和linux 系统间复制文件）

[root@numerca ~]# useradd public

[root@numerca ~]# chmod 777 /home/public

[root@numerca ~]# smbpasswd -a public

修改/etc/samba/smb.conf

[root@numerca ~]# vi /etc/samba/smb.conf

# 2 lines following modified by cxc 30th,Oct,2010.

security = share

; security = user

# following modified by cxc 30th,Oct,2010.

[public]

comment = Public directory

path = /home/public

browseable = yes

guest ok = yes

writable = yes

[root@numerca ~]# service smb restart

Shutting down SMB services: [FAILED]

Shutting down NMB services: [FAILED]

Starting SMB services: [ OK ]

 

Starting NMB services: [ OK ]

即可在windows 中进入public

地址栏输入

//192.168.1.2/public

假定下列所有安装源文件全部位于/home/public 下

 

2、安装grads

准备好grads-2.0.a8-bin-i686-pc-linux-gnu.tar.gz、lib.tar、data.tar.Z 三个文件

[root@numerca X11]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf grads-2.0.a8-bin-i686-pc-linux-gnu.tar.gz

[root@numerca public]# mv grads-2.0.a8 /usr/local/

[root@numerca public]# mv lib.tar data.tar.Z /usr/local/grads-2.0.a8

[root@numerca public]# mv /usr/local/grads-2.0.a8 /usr/local/grads（更名）

[root@numerca public]# cd /usr/local/grads

[root@numerca grads]# mkdir dat

[root@numerca grads]# gunzip data.tar.Z

[root@numerca grads]# tar -vxf data.tar -C ./dat

[root@numerca grads]# tar -vxf lib.tar

[root@numerca grads]# cd

[root@numerca ~]# vi .bashrc

GRADS=/usr/local/grads;export GRADS

export PATH=$GRADS/bin:$PATH

export GADDIR=$GRADS/dat

export GASCRP=$GRADS/lib

[root@numerca ~]# source .bashrc

3、安装PGI

准备好pgilinux-901[1].tar.gz、pgi_9.0-1_linux32.tar.bz2 以及license.dat

[root@numerca ~]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf pgilinux-901[1].tar.gz

[root@numerca public]# tar -vxf pgi_9.0-1_linux32.tar.bz2

[root@numerca public]# ./install

Do you accept these terms? [accept,decline]

accept

1. Single system install

2. Network install

Please choose install option(1-2):

1

Install the ACML? [y/n]

n

Installation directory? [/opt/pgi]

/usr/local/pgi

Do you wish to install MPICH1?(y/n)

y

Remote execution method? [rsh,ssh]

ssh

[root@numerca public]# cp pgi_9.0-1_linux32_patcher /usr/local/pgi/

[root@numerca public]# cd /usr/local/pgi/

[root@numerca pgi]# ./pgi_9.0-1_linux32_patcher

[root@numerca pgi]# cp /home/public/license.dat .

[root@numerca pgi]# cd

[root@numerca ~]# vi .bashrc

PGI=/usr/local/pgi;export PGI

export PATH=$PGI/linux86/9.0-1/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$PGI/linux86/9.0-1/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export LM_LICENSE_FILE=$PGI/license.dat

export MANPATH=$PGI/linux86/9.0-1/man:$MANPATH

MPICH=/usr/local/pgi/linux86/9.0/mpi/mpich;export MPICH

export PATH=$MPICH/bin:$PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$MPICH/lib:$LD_LIBRARY_PATH

export MANPATH=$MPICH/man:$MANPATH

[root@numerca ~]# source .bashrc

然后配置ssh（配置完成后在并行运算时不用输入密码）:

[root@numerca ~]# ssh-keygen -t rsa

[root@numerca ~]# cd .ssh

[root@numerca .ssh]# cp id_rsa.pub authorized_keys

[root@numerca .ssh]# ssh 192.168.1.2 （注：本机IP 地址）

Are you sure you want to continue connecting (yes/no)? Yes

4、安装szip

准备好szip-2.1.tar.gz

[root@numerca ~]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf szip-2.1.tar.gz

[root@numerca public]# cd szip-2.1

[root@numerca szip-2.1]# configure --prefix=/usr/local/szip

[root@numerca szip-2.1]# make >make.log &

[root@numerca szip-2.1]# make check >check.log &

[root@numerca szip-2.1]# make install >install.log &

5、安装zlip

准备好zlib-1.2.3.tar.gz

[root@numerca szip-2.1]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf zlib-1.2.3.tar.gz

[root@numerca public]# cd zlib-1.2.3

[root@numerca zlib-1.2.3]# configure --prefix=/usr/local/zlib

[root@numerca zlib-1.2.3]# make >make.log &

[root@numerca zlib-1.2.3]# make check >check.log &

[root@numerca zlib-1.2.3]# make install >install.log &

6、安装hdf5

准备好hdf5-1.8.4-patch1.tar.gz

[root@numerca zlib-1.2.3]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf hdf5-1.8.4-patch1.tar.gz

[root@numerca public]# cd hdf5-1.8.4-patch1

[root@numerca hdf5-1.8.4-patch1]# configure --prefix=/usr/local/hdf5 --withszlib=/

usr/local/szip

[root@numerca hdf5-1.8.4-patch1]# make >make.log &

[root@numerca hdf5-1.8.4-patch1]# make check >check.log &(20 分钟)

[root@numerca hdf5-1.8.4-patch1]# make install >install.log &

7、安装netcdf

准备好netcdf-4.0.1.tar.gz

[root@numerca hdf5-1.8.4-patch1]# cd /home/public

[root@numerca public]# tar -zvxf netcdf-4.0.1.tar.gz

[root@numerca public]# cd netcdf-4.0.1

[root@numerca netcdf-4.0.1]# configure --prefix=/usr/local/netcdf --withzlib=/

usr/local/zlib --with-hdf5=/usr/local/hdf5 --with-szlib=/usr/local/szip

[root@numerca netcdf-4.0.1]# make >make.log &

[root@numerca netcdf-4.0.1]# make check >check.log &

[root@numerca netcdf-4.0.1]# make install >install.log &

8、安装ncarg

准备好ncarg_src-4.4.2.tar.gz、hdf-4.2r4-5.el5.i386.rpm、hdf-devel-4.2r4-5.el5.i386.rpm

[root@numerca netcdf-4.0.1]# cd /home/public

[root@numerca public]# rpm -ivh hdf-4.2r4-5.el5.i386.rpm hdf-devel-4.2r4-5.el5.i386.rpm

[root@numerca public]# tar -zvxf ncarg_src-4.4.2.tar.gz

[root@numerca public]# cd ncarg-4.4.2

[root@numerca ncarg-4.4.2]# cd config/

[root@numerca config]# cp LINUX.32.PGI LINUX

[root@numerca config]# vi LINUX

#define ArchRecLibSearch -L/lib -L/usr/lib -L/usr/lib/hdf -L/usr/local/hdf5/lib -L/usr/local/szip/lib -L/usr/local/zlib/lib

#define ArchRecIncSearch -I/usr/include -I/usr/include/hdf -I/usr/include/X11

-I/usr/local/hdf5/include -I/usr/local/szip/include -I/usr/local/zlib/include

[root@numerca config]# vi Project

#define HDFlib -lmfhdf -ldf -ljpeg -lz -lsz

[root@numerca config]# cd ..

[root@numerca ncarg-4.4.2]# Configure -v

[root@numerca ncarg-4.4.2]# make Everything >& make-output &(15 分钟)

 

三、安装WRFV3.3

1、准备工作

检查netcdf 和java 有没有安装。

[root@numerca ~]# cd /home/public

[root@numerca public]# java --version

java version "1.4.2"

gij (GNU libgcj) version 4.1.2 20080704 (Red Hat 4.1.2-46)

Copyright (C) 2006 Free Software Foundation, Inc.

This is free software; see the source for copying conditions. There is NO

warranty; not even for MERCHANTABILITY or FITNESS FOR A PARTICULAR PURPOSE.

Java 虽然安装，但版本较低，需1.5 以上版（安装WRFDomainWizard 需要）。

下载以下文件：

java-1.6.0-openjdk-1.6.0.0-0.25.b09.el5.i386

java-1.6.0-openjdk-demo-1.6.0.0-0.25.b09.el5.i386

java-1.6.0-openjdk-devel-1.6.0.0-0.25.b09.el5.i386

java-1.6.0-openjdk-javadoc-1.6.0.0-0.25.b09.el5.i386

java-1.6.0-openjdk-src-1.6.0.0-0.25.b09.el5.i386

安装java-1.6.0:

[root@numerca public]# rpm -ivh java*

 

新建账户wrf，拷入WRFV3.3.TAR.gz、WPSV3.3.TAR.gz、WRFDAV3.3.TAR.gz、

ARWpost.tar.gz、configure_fix.tar、WRFDomainWizard.zip、geog_china.tar

 

2、安装WRFV3.3

[wrf@numerca ~]$ tar zvxf WRFV3.3.TAR.gz

[wrf@numerca ~]$ mv configure_fix.tar WRFV3

[wrf@numerca ~]$ cd WRFV3

[wrf@numerca WRFV3]$ tar vxf configure_fix.tar

[wrf@numerca WRFV3]$ chmod +x configure

[wrf@numerca WRFV3]$ configure

Enter selection [1-16] :9 (注：根据硬件和软件配置选择)

Compile for nesting? (1=basic, 2=preset moves, 3=vortex following) [default

1]:1 (注：根据研究需要选择)

[wrf@numerca WRFV3]$ compile

[wrf@numerca WRFV3]$ compile em_real (注：根据研究需要选择)

[wrf@numerca WRFV3]$ ls main/*.exe

ndown.exe、real.exe、wrf.exe (注：若有这三个文件生成表明安装成功)

若没有这三个文件，查看安装错误，发现若是未找到mpif.h，则进行下列修改：

[wrf@numerca WRFV3]$ vi configure.wrf

INCLUDE_MODULES = $(MODULE_SRCH_FLAG) \

$(ESMF_MOD_INC) $(ESMF_LIB_FLAGS) \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/main \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_netcdf \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/external/io_int \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/frame \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/share \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/phys \

-I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/chem -I$(WRF_SRC_ROOT_DIR)/inc \

-I$(NETCDFPATH)/include \

-I/usr/local/mpich/include \

修改完成后保存重新compile。

 

3、安装WPSV3.3

[wrf@numerca WRFV3]$ cd ..

[wrf@numerca ~]$ tar zvxf WPSV3.3.TAR.gz

[wrf@numerca WPS]$ configure

Enter selection [1-16] :3 (注：根据硬件和软件配置选择)

[wrf@numerca WPS]$ vi configure.wps

注意以下几处修改：

NCARG_LIBS = -L$(NCARG_ROOT)/lib -lncarg -lncarg_gks -lncarg_c \

-L/usr/lib -lX11 -lpng

NCARG_LIBS2 = -L${PGI}/linux86/9.0-1/lib -lpgftnrtl -lpgc \

[wrf@numerca WPS]$ compile

[wrf@numerca WPS]$ ls *.exe

geogrid.exe、ungrib.exe、 metgrid.exe

[wrf@numerca WPS]$ ls util/*.exe

avg_tsfc.exe、calc_ecmwf.exe、g1print.exe、 g2print.exe、 heights_ukmo.exe、

mod_levs.exe、 plotfmt.exe、plotgrids.exe、 rd_intermediate.exe

(注：若有这9+3=12 个文件生成表明安装成功，缺plotfmt.exe、plotgrids.exe 表明ncarg 安装有问题)

 

4、安装WRFDAV3.3

从WRFV3.1.1 开始，一些额外需要的库文件（如lapack，blas 和NCEP BUFR）已经被打包

在WRFDAV3.3.TAR.gz 中，若仅同化LITTLE_R 格式的常规观测数据，则只需安装netCDF 即可。

若想利用PREPBUFR 格式观测数据，则还需要先定义环境变量（csh）：

setenv BUFR 1

编译NCEP BUFR 库文件、产生和编译与BUFR 相关的WRFDA 代码，还需在configure/

compile 后进行。

若要同化卫星辐射数据，还需要安装NCEP BUFR 库文件以及RTM（Radiative Transfer

Model，辐射传输模式）。当前，WRFDA 采用的RTM 版本为CRTM V2.0.2 和RTTOV V10。WRFDA

既可以单独编译其中一个，也可以都进行编译。

从WRFV3.2.1 开始，CRTM V2.0.2 包括在WRFDA 打包文件中。

编译CRTM 库文件、以及产生和编译与CRTM 相关的WRFDA 代码，也需在configure/compile 后进行。

若要利用RTTOV V10 同化卫星辐射数据，在编译WRFDA 前要先下载安装RTTOV V10。并指

定lib/librttov10.1.0_*.a 等文件的环境变量。

需要注意的是，在安装这些库文件时要用和WRF 同样的编译器，否则可能出现不兼容问题。

[wrf@numerca WPS]$ cd ..

[wrf@numerca ~]$ tar zvxf WRFDAV3.3.TAR.gz

[wrf@numerca ~]$ cd WRFDA

[wrf@numerca WRFDA]$ configure wrfda

[wrf@numerca WRFDA]$ compile all_wrfvar 2>1 |tee compile.log &

[wrf@numerca WRFDA]$ ls -l var/build/*exe var/obsproc/src/obsproc.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 472467 04-26 19:35 var/build/da_advance_time.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1254475 04-26 19:35 var/build/da_bias_airmass.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 857523 04-26 19:35 var/build/da_bias_scan.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 824341 04-26 19:35 var/build/da_bias_sele.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1164935 04-26 19:35 var/build/da_bias_verif.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1812098 04-26 19:35 var/build/da_rad_diags.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 676475 04-26 19:35 var/build/da_tune_obs_desroziers.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 639600 04-26 19:35 var/build/da_tune_obs_hollingsworth1.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 392357 04-26 19:35 var/build/da_tune_obs_hollingsworth2.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1786521 04-26 19:35 var/build/da_update_bc.exe（更新底部和侧边界）

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1847720 04-26 19:35 var/build/da_verif_grid.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 571632 04-26 19:44 var/build/da_verif_obs.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 18552633 04-26 19:52 var/build/da_wrfvar.exe（最为重要）

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2593144 04-26 19:35 var/build/gen_be_cov2d3d_contrib.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2583963 04-26 19:44 var/build/gen_be_cov2d.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2592028 04-26 19:35 var/build/gen_be_cov3d2d_contrib.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2592965 04-26 19:35 var/build/gen_be_cov3d3d_bin3d_contrib.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2593008 04-26 19:35 var/build/gen_be_cov3d3d_contrib.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2583431 04-26 19:35 var/build/gen_be_cov3d.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2573795 04-26 19:35 var/build/gen_be_diags.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2593180 04-26 19:35 var/build/gen_be_diags_read.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2579103 04-26 19:35 var/build/gen_be_ensmean.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2613471 04-26 19:35 var/build/gen_be_ensrf.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2631801 04-26 19:44 var/build/gen_be_ep1.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2627113 04-26 19:44 var/build/gen_be_ep2.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2652350 04-26 19:44 var/build/gen_be_etkf.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2593049 04-26 19:35 var/build/gen_be_hist.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2657570 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage0_gsi.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2660530 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage0_wrf.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2625992 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage1_1dvar.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2602775 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage1.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2600396 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage1_gsi.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2682362 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage2_1dvar.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2592847 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage2a.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2605788 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage2.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 996026 04-26 19:35 var/build/gen_be_stage2_gsi.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2603938 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage3.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2579354 04-26 19:44 var/build/gen_be_stage4_global.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2620045 04-26 19:35 var/build/gen_be_stage4_regional.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2578122 04-26 19:44 var/build/gen_be_vertloc.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 2725869 04-26 19:44 var/build/gen_mbe_stage2.exe

-rwxrwxr-x 1 wrf wrf 1295042 04-26 19:53 var/obsproc/src/obsproc.exe

共计42 个*.exe 可执行文件。

5、安装ARWpost

[wrf@numerca ~]$ tar zvxf ARWpost.tar.gz

[wrf@numerca ~]$ cd ARWpost/

[wrf@numerca ARWpost]$ configure

Enter selection [1-6] : 1

[wrf@numerca ARWpost]$ compile

[wrf@numerca ARWpost]$ ls *.exe

有ARWpost.exe 生成表明安装成功！

6、安装WRFDomainWizard

[wrf@numerca ARWpost]$ cd ..

[wrf@numerca ~]$ cd WRFDomainWizard

[wrf@numerca WRFDomainWizard]$ unzip WRFDomainWizard.zip

[wrf@numerca WRFDomainWizard]$ chmod +x run_DomainWizard

[wrf@numerca WRFDomainWizard]$ run_DomainWizard

显示JVM memory=393805824 并出现GUI 界面表示安装成功。

 由sea121 整理于2011 年4 月，如有疑问，请发E-mail 至[e-mail]。