BLAST-动态规划算法
来源：互联网 发布：网络小说 神作 知乎 编辑：程序博客网 时间：2024/06/03 16:46
BLAST是Basic Local Alignment Search Tool的缩写，它是生物信息学中最常用的工具，工作中每天都会用到。今天闲来无事，自己用java写了一段代码来实现这一功能。
算法思想很简单，利用动态规划，全局的最优解即所有局部的最优解的集合。代码里两个碱基若匹配得1分，不匹配和空位（对应碱基的插入或缺失）都会罚1分，这是最简单的打分函数，实际的要远比这复杂，这里不做讨论。
运行的效果：
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