生物信息之多序列比对,进化树分析,保守位点分析
来源:互联网 发布:java在cmd中输入中文 编辑:程序博客网 时间:2024/06/08 07:35
序列下载与整理
网址:https://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene
下载fasta格式序列
输入你想查找的序列,比如Syp基因
进入基因详细信息页面
点击Genbank
如图所示可以下载到fasta格式的序列,注意这里下载的是基因或者蛋白质的全序列
假如你希望得到promoter的基因,可以在如图所示的位置输入起始位点和终止位点
- 一般promoter的位点不确定,可以通过将起始位点左右2kb基因视为promoter
- 比如:如图起始位点为7638580,那么起始位点要减500,终止位点加1499,这时需要在from输入7638080,to输入7640079(得到长度为2kb的序列)
- 点击
Update view
按钮 - 然后和同上一步下载fasta序列
合并多个fasta文件
下载多个序列后,你的文件夹应该是这样的
在文件夹空白地方
Shift+右键
,点击在此处打开命令窗口输入
type *.fasta > all_sequence.fasta
得到整合文件 all_sequence.fasta(这个文件也可以通过记事本打开,下面软件为UE)
多序列比对
Clustalw,Clustalx 与 MEGA的下载安装
Clustalw 下载链接:http://www.clustal.org/download/current/clustalw-2.1-win.msi
Clustalx 下载链接:http://www.clustal.org/download/current/clustalx-2.1-win.msi
MEGA 下载链接:http://www.megasoftware.net/releases/MEGA7.0.26_win64_setup.exe
序列比对
打开MEGA,进入序列比对分析
载入fasta序列
使用Clustalw 比对序列,参数默认点OK
跑出来的结果需要编辑第一列只留下物种名,序列去掉5’,3’端的空序列(因为要比对序列同源性,最好把显示
-
的序列去掉,使多序列的两端整齐,类似矩阵)导出fasta格式和MEGA格式两种格式
打开Clustalx 加载刚刚比对完的fasta格式(注意是比对完的,文件后缀名为.fas)
导出可视化文件,参数默认点OK
得到可视化的多序列比对结果,打开类似这样(打开用到的软件为Adobe Acrobat)
进化树分析
打开MEGA,载入meg文件
参数设置(这里是核酸序列)
得到进化树
- 导出与美化
美化参考:http://www.sohu.com/a/130616941_278730
保守位点分析
输入网址
MEME : http://meme-suite.org/tools/meme
上传fasta序列(这里的序列是整合后的文件,文件后缀.fasta),并输入参数(这里设置motif为10)
得到保守位点分析结果
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